按目前微生物肥料的制品和種類來分析。

　　可以分為兩類：

　　(1)通過其中所含微生物的生命活動，增加了植物元素營養的供應量，包括土壤和生產環境中植物營養元素的供應總量和植物營養元素的有效供應量，促使植物營養狀況的改善，進而產量增加，這一類微生物肥料的代表品種是根瘤菌肥料。

　　(2)其制品雖然也是通過其中所含的微生物生命活動的關鍵作用促使作物增產，但是其中微生物生　命活動的關鍵作用不限于提高植物的元素營養供應水平，包括了它們所產生的植物生長刺激素對植物的刺激作用，促進植物對營養元素的吸收作用，或者是有拮抗某些病原微生物的致病作用，減輕作物病蟲害而導致產量增加。這類微生物的種類和制品比較多，也比較復雜。但隨著研究的深入發展，此類微生物及其制品將會有比較合理、比較科學的歸屬、分類。